دوران مبارزه و اندیشه هاى سیاسى
آیت الله غفارى چون نیاکان شهیدش با هر نوع استبداد مبارزه مى کرد. زبان حق گوى او در اوج خفقان رژیم شاهى رسواگر و افشاگر باطل بود.
وى زمانى به مبارزات خود شدّت بخشید و بر رژیم خودکامه و مستبد و خونخوار شاه حمله برد که روشنفکران خود فروخته و کمونیست هاى ملحد از رژیم منحوس شاه تجلیل مى کردند.
این مجاهد نستوه بى اعتنا به یاوه سرایى هاى گروهکهاى چپ و راست ابوذر گونه به شاه ظالم مى تاخت.
همزمان با قیام تاریخى حضرت امام خمینى(ره) در سال 1342 ش. آیت الله غفارى پشت سرامام از آرمانهاى والاى او پشتیبانى نمود و دوران رنج و محنت و زندان و حبس را سپرى نمود.
در طول تحصیل در قم نیز هرگاه فرصتى مى یافت به روستاها و شهرهاى اطراف مى رفت و به مبارزات پیگیر با استبداد همچنین به اشاعه فرهنگ غنى اسلام مى پرداخت و اذهان پاک روستائیان را از غبار نیرنگ هاى رژیم مستبد شاه مى زدود.
آیت الله غفارى رژیم شاه را غاصب مى دانست و اعتقاد داشت رژیم پهلوى با کودتا بر سرکار آمده و باطل است لذا با اصل رژیم مخالفت مى کرد. آن بزرگوار پس از مهاجرت به تهران در سال 1339 ش. رسماً در جریان کار مبارزات سیاسى کشور قرار گرفت. البته آن زمان طبیعى بود که مبارزه با رژیم مستبد محمدرضا خانى روحیه اى خاصّ را طلب مى کرد و آیت الله مجاهد غفارى این روحیه والاى مبارزه با استبداد را داشت و از هر لحظه و هر زمان و مکانى نهایت بهره بردارى را مى کرد و علیه رژیم ستم شاهى سخن مى گفت عوامل استبداد نیز از او ترس و واهمه اى فوق العاده داشتند.
زندان و شکنجه
تمام دوران زندگى آیت الله غفارى مقارن با حکومت پهلوى و همراه با رنج و محنت بود. مشاهده اوضاع نابسامان، مخالفت رژیم با روحانیت اصیل، محدود کردن مبارزان مسلمان، ترغیب و تشویق مردم به بى دینى و کشف حجاب، آزادى عمل فرقه ضالّه بهائیت، و ریشه هاى افکار انحرافى همه و همه موجب مى شد که او لب به اعتراض گشاید و در هر موقعیتى افشاگرى نماید و چه رنجها و دردها که در این راه متحمل نشد.
آیت الله غفارى خودش بارها دستگیر و زندانى شد امّا دستگیرى و حبس فرزندانش، همسرش و برادرش رنج و درد او را مضاعف بلکه چند برابر مى کرد. لکن همانند مولاى خودش حضرت امام موسى کاظم(علیه السلام) چون کوه استوار و با صلابت ایستادگى مى کرد و آنچه که عوامل طاغوت و ساواک را آزار مى داد روحیه مقاوم و استوار ایشان بود. به طور کلى حبس هاى شهید غفارى از سال 1340 آغاز و تا دى ماه 1353 ش. ادامه داشت 13 سال آخر عمر شریفش سراسر مبارزه و جانفشانى در راه آرمانهاى مقدّس امام خمینى بود. در سال 1341 سخنرانى هایش عموماً به افشاگرى مواضع غیراسلامى رژیم اختصاص داشت. و چندین بار مستقیماً با دستگاه رژیم پهلوى درگیر شد.
در شب 15 خرداد سال 1342 ش. مأمورین شاه به خانه اش هجوم آوردند و بالباس منزل او را به کمیته شهربانى بردند. در طول مدّت بازداشت و در بازجویى ها اراده قاطع و شجاعت بى نظیر آیت الله غفارى تمامى مأموران را به حیرت وا داشته بود. چرا که بازداشت ها بازجویى ها و حبس ها و شکنجه هاى بى رحمانه تنها کوچکترین اثر منفى در روح بزرگ و مقاوم او نداشت بلکه پس از هر بار زندانى شدن با روحیه اى قوى تر و شجاعتى بیشتر به مبارزه ادامه مى داد موقعى که زجر و شکنجه به سختى آزارش مى داد نام مبارک امام موسى بن جعفر(علیه السلام) را بر زبان مى راند.
و دیگر زندانیان را به استقامت و پایدارى و صبر دعوت مى کرد.
حجت الاسلام هادى غفارى در مصاحبه اش با روزنامه اطلاعات در 7 دى سال 1361 گفت: پس از جریان دستگیرى پدرم آیت الله غفارى نوشته اى را به ما مرقوم فرمودند که بدین قرار است:
علت این همه گرفتارى ها، زندانى شدن ها، مبارزات با دولت جنایتکار خائن به دین اسلام و دخالت بى مورد او در مقدّسات مذهبى و اجراى برنامه هاى ضددینى دستگاه حاکمه است.
اما اندیشه ناب سیاسى آیت الله غفارى را در بازجویى و متن بازجویى ساواک مى توان دریافت وقتى که از وى سؤال شد:
نظر شما نسبت به (آیت الله) خمینى چیست؟ جواب داد:
«من فکر مى کنم تنها کسى که مى تواند ایران را نجات دهد آیت الله خمینى است»
و جمله شجاعانه و قهرمانه او که فرمود:
«دشمن خمینى کافر است». کمر استبداد شاهى را شکست.
متن آخرین بازجویى که عیناً در روزنامه جمهورى اسلامى چهارشنبه 7 دى 1362 ش. نیز به چاپ رسیده و توسط ساواک انجام شده بود. به شرح زیر است:
س : چرا به زندان آورده شدید؟
ج : نمى دانم
س : آیا قبلاً به زندان آمده اید؟
ج : نیامده ام آورده اند
س : نظر شما راجع به شاهنشاه آریامهر چیست؟
ج : ایشان با کودتاى پدرشان سر کار آمده اند و غاصبند
س : نظر شما راجع به حزب رستاخیز چیست؟
ج : این حزب را شاه ساخته است و به مردم هیچ ربطى ندارد
و در پایان بازجویى این جمله را نوشت :
« و الرّاد علیهم کالرّاد علینا و الرّاد علینا کالرّاد على اللّه و هو فى حدّ الشّرک .
هم حجّتى علیکم و انا حجّة اللّه علیهم»