مناظرات علمى سید با صاحبان علم و اندیشه و حاکمان ستمگر از محورهاى خدماتى او بود. وى در این مناظرات، همان طور که جهل و تقیّه را از جامعه شیعه زدود تعصب اهل سنت نسبت به شیعیان را هم کاهش داد. موضوع مناظرات او در رابطه با حقانیت مذهب تشیع و رد اتهامات وارده بر آن، ولایت على(علیه السلام) و مسائل و احکام مذهبى شیعیان بود که بیشتر در مقر پادشاهى ظاهرشاه و در حضور او، یا در مساجد و محافل علمى انجام مى شد. این مناظرات به علت حساسیتها و جو اختناق آمیز آن روز، معمولا دور از انظار عموم و به صورت خصوصى برگزار مى شد و به جهت نبود امکانات صوتى، و بى توجهى شاهدان احتمالى، چیزى از این مناظرات در دست نیست و تنها گوشه هایى از بعضى مسائل بعدها از زبان آن باغبان بیدار یا اطرافیانش نقل شده است، ازجمله:

1 ـ در حسینیه بزرگ چنداول، مناظره اى بین او و یکى از عالمان اهل سنت به نام «مولوى محمد نبى کاموى» که چندى در سمت قاضى کابل ایفاء وظیفه مى کرد، صورت گرفت. مولوى در حالى که تربت سیدالشهدا(علیه السلام) را در دست گرفته بود، خطاب به آیت الله حجت گفت: «شما شیعیان دو خدا دارید، یکى خداى متعال و دیگرى این خاک که آن را مى پرستید و سجده مى کنید.»

سید به یکى از شیعیان حاضر رو کرد و پرسید: «تو چرا به خاک سجده مى کنى؟» او گفت: «به خاطر اینکه خداى یکتا را پرستش نمایم.» معظم له به مولوى نگاه کرد و گفت: «اگر سجده کردن به خاک شرک و پرستش دو خدا باشد باز ما شیعیان از شما بهتریم چون، دو خدا داریم ولى شما چندین خدا دارید، چون به هر چیزى سجده مى کنید، به فرش، پتو، پارچه، زمین و...»

در پایان مناظره از مولوى پرسید: «حالا نظر شما در رابطه با سجده برخاک چیست؟» مولوى در حالى که به مهر اشاره مى کرد، گفت: «این خاک، تربت مقدس است، درحالیکه من سجده بر خاک انگلیس را هم مجاز مى دانم.»^[27]

2 ـ یکى از شاگردانش مى گفت: در مجلس بسیار مهم و آراسته، یکى از قضات و عالمان اهل سنت پرسید: شما به چه دلیل در اذان «اشهد ان علیّاً ولىّ الله» مى گویید؟ آقا پاسخ داد: این سخن ما شیعیان نیست حرف خداوند است که در قرآن کریم فرمود: (انَّما وَلیُّکُمُ اللهُ وَ رَسُولُهُ وَ الذینَ آمَنوا الَّذینَ یُقیمُون الصَّلاة و یُؤتُونَ الزَّکاةَ وَ هُم راکِعون)^[28] قرآن کریم مى فرماید: «ولىّ» شما خدا و پیامبرش و آن مؤمنانى هستند که در حال رکوع زکات مى دهند. آن مؤمن على(علیه السلام)بود. پس على(علیه السلام) ولى خداست.

او گفت: این ادعاى شما شیعیان است. سید پاسخ داد: این قضیه در کتاب هاى شما نیز ذکر شده است. در این لحظه آیت الله حجت به شاگرد ارجمندش آیت الله شیخ محمدعلى مدرس کابلى اشاره کرد و گفت: «بیاور کتاب را» شیخ فوراً کتاب «مشکات شریف» را که از منابع مهم حدیثى اهل سنت است، حاضر کرد. عالم سنى مذهب با مشاهده مطلب مورد بحث از جا بلند شد و دست ایشان را بوسید.^[29