حاج هادى ابهرى درباره عظمت معنوى شیخ مرتضى طالقانى داستان جالبى را نقل مى کند:
در یک سفر که به عتبات عالیات مشرّف شدم و چند روزى در نجف اشرف زیارت مى کردم، کسى را نیافتم که با او بنشینم و درد دل کنم، تا براى دل سوخته من تسکینى حاصل گردد.
روزى به حرم مطهّر مشرّف شده زیارت کردم و مدّتى هم در حرم نشستم خبرى نشد به حضرت امیرالمؤمنین(علیه السلام) عرض کردم: مولى جان! ما مهمان شماییم چند روز است من در نجف مى گردم کسى را نیافتم حاشا به کرم شما!
از حرم بیرون آمده و بدون اختیار در بازار حُوَیْش وارد شدم و به مدرسه مرحوم سیّد محمّدکاظم یزدى درآمدم در صحن مدرسه روى سکوئى که در مقابل حجره اى بود نشستم، ظهر شد، دیدم از مقابل من از طبقه فوقانى شیخى خارج شد بسیار زیبا و با طراوت و زنده دل و از همانجا رفت به بام مدرسه و اذان گفت و برگشت و همینکه خواست داخل حجره اش برود چشمم به صورتش افتاد، دیدم در اثر اذان دو گونه اش مانند دو حقّه نور مى درخشند.
درون حجره رفت و در را بست.
من شروع کردم بگریه کردن و عرض کردم یا امیرالمؤمنین پس از چند روز یک مرد یافتم او هم به من اعتنایى نکرد.
فوراً شیخ در حجره را باز کرد و رو به من نمود و اشاره کرد بیا بالا.
از جا برخاستم و به طبقه فوقانى رفته و به حجره اش وارد شدم هر دو یکدیگر را در آغوش گرفتیم و هر دو مدّتى گریه کردیم و سپس هر دو به حال سکوت نشسته مدّتى یکدیگر را تماشا مى کردیم، و سپس از هم جدا شدیم.
این شیخ روشن ضمیر مرحوم طالقانى اعلى الله مقامه الشّریف بوده است که داراى ملکات فاضله نفسانى بوده است و تا آخر دوران زندگى در مدرسه زیست نمود و مانند حکیم هیدجى به تدریس اشتغال داشت و هر فرد از طلاّب هر درسى که مى خواستند مى گفت: جامع المقدمات، مغنى، مطوّل، شرح لمعه، مکاسب شیخ، شرح منظومه، اسفارو قاعده اش این بود که طلاّب مى خواندند و او معنى مى کرد و شرح مى داد.
طلاّب مدرسه سیّد مى گویند: در شب رحلتش مرحوم شیخ مرتضى همه را جمع کرد در حجره، و از شب تا به صبح خوش و خرّم بود، و با همه مزاح مى کرد و شوخى هاى قهقهه آور مى نمودو هر چه طلاّب مدرسه مى خواستند بروند در حجره هاى خود مى گفت: یک شب است غنیمت است و هیچ کدام از آنها خبر از مرگش نداشتند.
هنگام طلوع فجر صادق شیخ بر بام مدرسه رفت و اذان گفت و پایین آمد و به حجره خود رفت هنوز آفتاب طلوع نکرده بود که دیدند شیخ در حجره رو به قبله خوابیده و پارچه اى روى خود کشیده و جان تسلیم کرده است.
خادم مدرسه سیّد مى گوید در عصر همان روزى که شیخ فردا صبحش رحلت نمود، شیخ با من در صحن مدرسه در حین عبور برخورد کرد و به من گفت: انت تنامُ اللَّیلَة و تَقْعُدُ بِالصُّبْحِ وَ تَروُحُ اَلَى الْخلْوَةِ و تَجیئىُ یَمَّ الحوضِ تَتَوضَّئُا یقولون شیخ مرتضى مات. تو امشب مى خوابى و صبح از خواب بر مى خیزى و مى روى دست به آب براى ادرار و مى آئى کنار حوض وضو بگیرى مى گویند: شیخ مرتضى مرده است.
چون خادم مدرسه عرب بوده است لذا این جملات را مرحوم شیخ بااو به عربى تکلّم کرده است.
خادم مى گوید: من اصلاً مقصود او را نفهمیدم و این جملات را یک کلام ساده و مقرون به مزاح و سخن فکاهى تلقّى کردم، صبح که از خواب برخاستم و در کنار حوض مشغول وضو گرفتن بودم، دیدم طلاّب مدرسه مى گویند: شیخ مرتضى مرده است. رحمة الله علیه رحمة واسعة
مرگ اگر مرد است گو نزد من آى *** تا در آغوشش بگیرم تنگ تنگ
من ز او جانى ستانم پر بها *** او ز من دلقى ستاند رنگ رنگ([19])