در مکتب علمى خوانسارى
الف. پیش مطالعه او به طلاب و شاگردان پیشنهاد مى کرد که قبل از حضور در درس، به پیش مطالعه بپردازند. و این سنت حسنه و نیکو تا به حال در حوزه هاى علمیه رواج دارد.
ب. مجتهد پرورى از ویژگى هاى حوزه هاى آن روز شاگرد پرورى و کوشش در رساندن آنان به مرتبه اجتهاد علمى بود. در مدرسه آقا حسین، روحیه اندیشه ورى در شاگردان تقویت مى شد و آنان تشویق مى شدند به خود برگردند و استعدادهاى ناشکفته خود را آشکار کنند.
ج. نظارت بر یادگیرى در حوزه محقق خوانسارى، استاد نکته هاى درسى مشکل و پیچیده را از شاگردان مى پرسید و یافته و جواب هاى آنان را تصحیح مى کرد.
د. میدان دادن به طلاب به طلاب فرصت داده مى شد بپرسند و دریافت هاى خود را با استاد در میان بگذارند و شاگردان حق نقد سخن استاد را داشتند که این، روحیه علمى و کاوش را در آنان تقویت مى کرد.([23])
شاگردان
او به مصداق «زکات العلم نشره» از همان اوائل تحصیل معارف اسلامى، به تدریس پرداخت. در مقام تدریس به جایى رسید که با وجود اساتید بزرگى همچون شیخ بهایى، مقدّس اردبیلى و محمدتقى مجلسى ـ که در قید حیات بودند یا تازه از دنیا رفته بودند ـ «استاد الکلّ فى الکل» لقب گرفت. در طول تاریخ حوزه شیعه، دو نفر به این لقب مفتخر شدند آقا حسین خوانسارى و علامه وحید بهبهانى.
شاگردان محقق خوانسارى عبارتند از:
1. آقا میر محمدصالح خاتون آبادى، داماد مجلسى (1058 ـ 1126 ق) او مدت بیست سال در درس آقا حسین خوانسارى شرکت کرد.([29])
2. ملا میرزا محمد مدقق شیروانى([30])(متوفاى 1099 ق) محل دفن او در مشهد در مدرسه میرزا جعفر است. تألیفات او عبارتند از: 1 ـ رساله توحید 2 ـ رساله اى در صدق کلام الله
3. سید نعمت الله جزایرى([31]) (متولد 1050ق).
4. آقا جمال خوانسارى فرزند محقق خوانسارى (متوفاى 1122 ق) محل دفن او در تخته فولاد اصفهان در کنار قبر پدرش مى باشد.
5. ملا علیرضا تجلى شیرازى (متوفاى 1085ق).
6. آقا رضى خوانسارى فرزند محقق خوانسارى (متوفاى 1113 ق) تألیفات او حاشیه بر شرح لمعه، آداب الصلاة، ترجمه نهج الحق علامه حلى.
7. آخوند مسیحاى کاشانى
8. محمد شفیع خراسانى (مشهور به خیال)
9. ملا حسن گیلانى
10. علامه محمدباقر مجلسى (1037 ـ 1110ق)
11. سید حسین خلیفه سلطان (متوفاى 1064ق)
12. میر عبدالحسین خاتون آبادى([32])(1039 ـ 1105 ق) وى فقه و حدیث را در محضر خوانسارى فراگرفت. آرامگاهش در قبرستان بابا رکن الدین اصفهان است.
آثار او عبارتند از: 1 ـ وقایع السنین فى الاعوام 2 ـ مشجرات در انساب سادات.
13. نصیرالدین محمد رضوى
14. شیخ محمد بن عبدالفتاح سراب تنکابنى (متوفاى 1124 ق)
15. لطف الله شیرازى که در سال 1097 ق. از محقق خوانسارى اجازه گرفت.
16. امیر ذوالفقار همدانى([33]) وى از شاگردان برجسته محقق خوانسارى بود که اجازه مفصل از استادش گرفته است.
17. خواجه محمد که در 1064 ق. اجازه گرفته است.
18. سید محمدباقر بن سید علیرضا حسینى عاملى (متوفاى 1123 ق) وى کتاب هاى حدیثى و صحیفه سجادیه را در نزد خوانسارى فراگرفت و به کسب اجازه روایت صحیفه سجادیه نایل آمد.
19. میرزا محسن
20. محمد بن حسن حر عاملى (متوفاى 1104ق) وى که مؤلف گرانقدر وسائل الشیعه است، از محقق خوانسارى اجازه نقل حدیث گرفته است.([34])
21. على اصغر مشهدى وى از آقا حسین خوانسارى اجازه روایت داشته است.([35])
22. کمال الدین محمد بن معین الدین محمد فَسَوى فارسى معروف به میرزا کمالاى اصفهانى وى از استادش اجازه نقل روایت داشته است.
23. رفیع الدین محمد بن حکیم یزدى وى نیز اجازه نقل روایت داشته است.
24. شیخ ابوطالب زاهدى گیلانى (متوفاى 1127ق)([36]) ایشان از علماى سرشناس عهد صفویه مى باشد. فرزندش حزین مى گوید:
«مدت بیست و پنج سال، فعل مکروهى از او سر نزد و هرگز نماز شب را ترک نکرد. چند سال قبل از مرگ، عزلت پیشه کرد و به کار نفس خویش مشغول شد.»
25. شیخ ابوالحسن فتونى نجفى (متوفاى 1138ق)([37]) وى در اصفهان متولد، مدتى را در محله درب امام اصفهان ساکن بود و به این دلیل، به امامى معروف است. و بعد به نجف مهاجرت کرد و تا سال وفاتش در آن جا مشغول تدریس بود. آثار او عبارتند از: 1 ـ الفوائد الغروبه 2 ـ مرأت الانوار 3 ـ شریعة الشیعه و دلائل الشریعه.
26. سید على امامى اصفهانى([38]) او از معاصرین صاحب ریاض و شاگرد محقق خوانسارى بود. تألیفات او عبارتند از: 1 ـ ترجمه مصباح المتجهد شیخ طوسى 2 ـ ترجمه مهج الدعوات ابن طاووس 3 ـ ترجمه اکمال الدین شیخ صدوق 4 ـ ترجمه عیون اخبارالرضا شیخ صدوق 5 ـ ترجمه امالى شیخ صدوق 6 ـ ترجمه خصال شیخ صدوق.
27. طائف گلپایگانى([39]) (محمدعلى بن حاج محمدحسین اصفهانى گلپایگانى متلخص به طائف) وى در گلپایگان به دنیا آمد براى تحصیل به اصفهان مهاجرت کرد و در درس آقا حسین شرکت مى کرد.
28. میرزا عبدالله افندى([40]) (متولد 1066 و متوفاى 1130 یا 1135 ق) تألیفات او عبارتند از: 1 ـ ریاض العلماء و حیاض الفضلاء 2 ـ صحیفه ثالثه سجادیه 3 ـ بساطین الخطباء (در سه جلد) 4 ـ روضة الشهد 5 ـ الامان من النیران فى تفسیر القرآن.
29. ملا عبدالله مجلسى([41]) وى فرزند دوم علامه محمدتقى مجلسى است که در اصفهان به دنیا آمد. در درس محقق خوانسارى شرکت مى کرد و بعد از مرگ پدرش به هندوستان مهاجرت کرد. تألیفات او عبارتند از: 1 ـ شرح تهذیب الاحکام شیخ طوسى 2 ـ تعلیقه بر حدیقة المتقین 3 ـ الاسئلة الهندیة که سؤالاتى که از هند براى برادرش علامه محمدباقر مجلسى فرستاد و علامه جواب آن ها را داده است.