تدریس و شاگردان
میرزا محمّدمهدی با کوله باری از دانش و حکمت و معرفت و پارسایی، از عتبات عراق به مشهد مقدّس بازگشت و در آن جا حوزه ی درسی تشکیل داد. با توجه به این که در معارف اسلامی تبحّر داشت، کثیری از تشنگان معرفت و حکمت به محضرش رسیدند تا از خرمن خِرَد او خوشه ها برچینند.
به گواهی پرورش یافتگان مکتبش وشرح حال نویسان، او قادر بود فقه، اصول، رجال، حدیث، فلسفه، عرفان، کلام، منطق، ریاضی، ستاره شناسی را در عالی ترین سطح و به بیانی شیوا برای فراگیران تدریس کند. به برکت وجودش، علوم عقلی و نقلی در قلمرو خراسان و حتی در برخی نقاط دیگر ایران رونقی بسزا گرفت.[25]
برخی از شاگردان که از محضر او بهره برده اند، عبارت اند از:
ملّا حمزه قاینی.
عالم گمنامی که در فقه و اصول محضر میرزا را درک کرد و از او اجازه ی روایت دریافت کرده است.[26]
سیّد دلدار علی رضوی هندی
در سال 1194 قمری به قصد زیارت بارگاه حضرت امام رضا، علیه السلام، به مشهد مقدّس رفت و به حوزه درسی میرزا محمّدمهدی راه یافت و در فقه و حدیث و کلام از او بهره مند گردید. استاد در اجازه ی روایی که برای این شاگرد خود صادر کرده، وی را عالم عامل، فاضل کامل، سیّد بزرگوار عالی نسب معرّفی کرده است.[27]
سیّد محمّدمهدی طباطبایی، او به سال 1186 قمری به مشهد آمد. حدود شش یا هفت سال در جوار بارگاه قدس رضوی اقامت داشت. ضمن ملاقات با اقشار گوناگون و فعالیت های تحقیقاتی و آموزشی، به محضر هم مباحثه خود در درس وحید بهبهانی، یعنی میرزا محمّدمهدی رفت و در حکمت عرفان و مباحث اعتقادی از توانایی های او استفاده کرد.
در همین دوران میرزا محمّدمهدی که از استعداد فوق العاده وی شگفت زده شده بود و سوابقی از خلّاقیّت های فکریش را می دانست خطاب به او گفت: «انما انت بحرالعلوم». از آن زمان سیّد محمّدمهدی طباطبایی به بحرالعلوم شهرت یافت.[28]
حاج میرزا زین العابدین خوانساری فرزند سیّد ابوالقاسم جعفر[29]
ملّا محمّدصالح برغانی[30]
محمّدتقی برغانی (معروف به شهید ثالث)[31]
ملّا احمد نراقی فرزند ملّا محمّدمهدی نراقی
میرزا محمّد حسن فانی زنوزی الاصل صاحب ریاض الجنه در سال 1203 قمری به مشهد رفت و مدّت دوسال در علوم نقلی و عقلی از میرزا محمّدمهدی محظوظ گردید.
سیّد عبدالکریم جزایری فرزند جواد فرزند عبدالله فرزند سیّد نورالدّین فرزند سیّد نعمت الله جزایری.
حاج میرزا یوسف مجتهد طباطبایی تبریزی.
اسدالله دزفولی کاظمی.
سیّد کاظم جزایری از نوادگان سیّد نعمت الله جزایری.
ملّا عبدالوهّاب شیخ الاسلام مشهدی که در علوم ریاضی و فلسفه مهارت داشت.
سیّد جعفر ثانی خوانساری که از استاد اجازه ی روایت هم دریافت کرد.
آقا احمد بهبهانی فرزند آقا محمّد علی و نواده ی وحید بهبهانی صاحب مراة الاحوال جهان نما و مناهج الفقه.
محمّدحسین خبوشانی (قوچانی)
برای ادامه ی تحصیل به مشهد آمد و به جمع شاگردان میرزا محمّدمهدی پیوست. به توصیه ی او به قوچان رفت و زعامت دینی آن دیار را عهده دار شد. او در ربیع الاول 1262 رحلت کرد.
شیخ آقا ابو محمّد فرزند شیخ حسین مشهدی (برادر همسر آقا میرزا محمّدمهدی).[32]
در ضمن فرزندان ایشان در زمره ی شاگردانش بوده اند که در ادامه ی مقاله به شرح حال شان خواهیم پرداخت.