منصب دینی و سفرها

ـ تولیت آستانه حضرت عبدالعظیم حسنى (ع)

ملا خلیل در سنّ بیست و هفت سالگى به سِمَت مدرّسى آستانه حضرت عبدالعظیم حسنى،علیه‌ السلام، و تولیت اوقاف آن آستانه، از سوى همدرس خود خلیفه سلطان ـ که به وزارت شاه عباس نائل شده بود ـ منصوب گردید، ولى پس از مدتى از آن سمت بر کنار گردیده و ملا نظام الدین قرشى ساوجى (متوفای حدود 1040قمری) به جاى وى منصوب گردید.[72]

ـ مهاجرت به مکه

به جهت تحریم اقامه ی نماز جمعه و انکار و نهی مجدانه از برگزاری آن در عصر غیبت امام زمان،علیه السلام، وی از تولیت آستانه ی حضرت عبدالعظیم،علیه ‌السلام، عزل شده، راهى مکّه مکرّمه شد. چند سالى مقیم آن بلده طیبه گردید، ولى زندگیش در آن جا نیز متلاطم بود. در کتاب ‌هاى تذکره، مناظرات گوناگونى نقل شده که بین ملا خلیل و عالمان شیعه و سنى در مسائل مختلف رخ داده است. شیخ حرّ عاملى نقل مى‌ کند اولین بار که به مکه مشرف شده، ملا خلیل را ملاقات کرد که مشغول حاشیه نوشتن بر مجمع البیان بوده است.[73]

ـ بازگشت به قزوین

ایشان پس از اقامت چند ساله در مکه، به قزوین بازگشت و تا آخر عمر در این شهر مشغول تدریس و تصنیف بود. وى در آخر عمر نابینا مى‌ گردد و در سن 88 سالگى دار فانى را وداع مى‌ کند. از آثار باقى مانده از ملا خلیل در قزوین، مدرسه ‌اى در محلّه ی آخوند قزوین، معروف به مدرسه ی آخوند یا مدرسه ی خلیلا است.[74]

ارتباط با حاکمان وقت

ملا خلیل قزوینی در نزد پادشاهان صفوی، امیران، وزیران و سائر مردم از جایگاه والائی برخوردار بود. ابتدا در زمان وزیر پادشاه زمان خود در حالی که کمتر از 30 سال داشت، تولیت آستان مقدس حضرت عبدالعظیم حسنی (علیه السلام) و تدریس در آنجا به ایشان واگذار شد. سپس به عللی که ذیلا ذکر می گردد ایشان پس از مدتی از این سمت معزول گردید و سمت تدریس در آنجا نیز به شاگرد شیخ بهائی یعنی نظام الدین محول شد. وی سپس به مکه مسافرت نموده و در آنجا مشغول نوشتن حاشیه مجمع البیان گردید. پس از مراجعت از مکه ساکن قزوین گشت.

میان او و حاکمان و قزوین مسائلی بود که باعث عزل وی از تولیت آستان مقدس شاه عبدالعظیم حسنی (علیه السلام) گردید. از جمله علل برکناری او از این سمت می توان به موارد ذیل اشاره کرد:

1 - وی از تحریم کنندگان و نهی کنندگان و منکران اقامه نماز جمعه در زمان غیبت بود.

2 - ایشان از افراد اخباری بود که به شدت منکر اجتهاد بود.

3 - او از کسانی بود که به شدت از روش تصوف و حکمت دوری کرده و بر آنها انکار می نمود و همچنین منکر اقوال منجمین و اطباء عصر خویش بود.[75]