آثار
آقا حسین در دو زمینه حکمت و فقه، شهرت فراوانى داشته است وى به عنوان یک فیلسوف و فقیه و ادامه دهنده مکتب فلسفى اصفهان بود. بیش تر آثار او به صورت شرح و حاشیه بر کتاب هاى مهم فلسفى و تألیف رساله هاى کوتاه فلسفى بود و در فقه هم شرح بر کتاب دروس شهید اول را دارد که به لحاظ تتبع و دقّت، مورد ستایش قرار گرفته است.
در زمینه گرایش هاى موجود در تفکر شیعه آقا حسین نماینده تفکر فلسفى و حِکَمى است که ادامه دهنده مکتب فلسفى شیراز و اصفهان است. آقا حسین اندیشه هاى فلاسفه مشّاء را همراه با مسائل ذوقى که طىّ دو قرن از آغاز صفوى بر آن افزوده شد، تدریس مى کرد. او علاوه بر فلسفه، به فقه نیز تسلط کامل داشته است و فقهش نیز امتداد مکتب اجتهادى عموم فقهاى شیعه مى باشد.
آثار او عبارتند از:
1. مشارق الشموس([42]): شرح بر بخش طهارت دروس شهید مى باشد و مشتمل بر تمامى اخبار ائمه و اقوال فقهاى امامیه است.
2. اجوبة المسائل: مجموعه پاسخ هاى آقا حسین خوانسارى و فرزندانش جمال الدین و رضى الدین خوانسارى به سؤالات مختلف فقهى و اعتقادى است.([43])
3. رساله در خمس([44])
4. حل شک فى کون بعض اهل البلد کافراً و اکثرهم مسلمون([45])
5. ترجمه الصحیفة السجادیه([46])
6. ترجمة القرآن([47])
7. تفسیر سورة الفاتحه([48])
8. تاریخ وفیات العلم([49])
9. الجبر و الاختیار([50])
10. شرح کافیه ابن حاجب([51])
11. شرح هیئت فارسى قوشچى([52])
12. حاشیه اولى بر شفاى ابن سین
13. حاشیه ثانیه بر شفاى ابن سین
14. حاشیه بر اشارات شیخ الرئیس
15. حاشیه بر محاکمات فخر رازى
16. حواشى بر حاشیه قدیمه دوانى بر شرح تجرید
17. تعلیقاب بر حاشیه جلالیه شرح مطالع
18. رساله در شبهه طفره
19. رساله ایمان و کفر
20. جواب پرسش هاى شاگردش میرزا محمد شیروانى
21. تقریرات درس هاى آقا حسین خوانسارى در مباحث نبوّت، امامت و ولایت یکى از شاگردانش رساله اى به نام «منهج السالکین و وسیلةُ نجاةِ الهالکین» در مباحث سلوکى و عرفانى و اعتقادى نوشته است. نگارش این رساله با استفاده از سخنان و پژوهش هاى استادش خوانسارى و در حیات او بوده است.([53])
22. الجزء الذى لا یتجزى
23. رساله در نفى وجوب مقدمه واجب([54])
24. المائدة السلیمانیة: فى العطعمة و الاشربه.([55])
اشعار
آقا حسین، ذوقى لطیف داشته است و شاعران فراوانى در محضر وى حاضر مى شدند اینک به ذکر چند رباعى از وى بسنده مى کنیم:
تا دست بهمّت رسائى نزنى *** بر همّت خلق پشت پایى نزنى
چون حلقه مباش در جهان دست تُهى *** تا هر ساعت درِ سرائى نزنى.([56])
* * *
اى باد صبا، طرب فزا میآیى *** از طرف کدامین کف پا میآیى
از کوى که برخاسته اى راست بگو *** اى گرد، بچشمم آشنا میآیى([57])
* * *
تا کى پى هر صورت زشتى باشى *** در مذهب آب و گل کُنشتى باشى
دل بر نکنى ز غالبى چند تُهى *** خاکت بر سر که کم ز خشتى باشى([58])