آثار
1. شرح دعاى صباح
مرحوم آقا نجفى این کتاب را در 21 شوال 1327هـ ق (1287هـ ش) در نجف اشرف به نگارش درآورد. شارح ابتدا جملات دعاى صباح را از نظر لغت بررسى کرد، سپس به ترجمه و توضیح متن پرداخته و آنگاه مطالب کلامى و عرفانى دعا را شرح داده است. در برخى از کلمات دعا، علاوه بر شرح ,, نکات ادبى، به وجوه مختلف آن پرداخته و گاه توضیحاتى داده است.[23]
این کتاب با مقدمه محمدرضا عطایى در سال 1378هـ ش، به چاپ رسیده است.
2. عذر بدتر از گناه
تلفیقى از نثر عربى و فارسى درباره مشروطیت ایران است و در سال 1328هـ ق (1288هـ ش) نگاشته شد.[24]
3. حیات الاسلام فى احوال آیة الملک العلام: در سال 1329هـ ق (1290هـ ش) در نجف اشرف تدوین شد. این کتاب با نام برگى از تاریخ معاصر با تصحیح آقاى رمضانعلى شاکرى در سال 1378هـ ش به چاپ رسید.
کتاب شامل اعلامیه ها، تلگرام ها و مکاتباتى است که بین مرحوم آخوند خراسانى (ره) و دربار ایران و سران قبائل و عشایر و عالمان دینى رد و بدل شده است. این پیامها به منظور حفظ استقلال ایران و حفظ حقوق مردم آن دیار و ایجاد قانون مدارى و عدالت ارسال مى شد.
اهمیت کتاب آنگاه روشن مى شود که آقا نجفى قوچانى خود شاهد عینى این مکاتبات و حوادث مشروطه بوده و آن اسناد را جمع آورى نموده است، لذا از لحاظ سندى اهمیت ویژه اى دارد.
آقانجفى سه دلیل را انگیزه خود از نگارش کتاب مى داند:
1. مظلومیت مرحوم آخوند خراسانى که در جریان مشروطه مورد اتهامات زیادى قرار گرفت.
2. کسانى که مشروطیت را با بابیت و امثال آن مساوى مى دانستند، به اشتباه خود پى ببرند.
3. مواعظ و نصایح مرحوم آخوند خراسانى را همیشه مدنظر قرار دهند و تمامى آزادى خواهان او را به عنوان الگوى خود برگزینند.[25]
4. سیاحت شرق
آقا نجفى قوچانى سوانح عمر یا سرگذشت نامه و سفرنامه خود را تحت نام سیاحت شرق نگاشته است. این کتاب با نثر ساده و بى تکلّف نوشته شده و از ابتداى کودکى تا مرحله نیل به مقام اجتهاد در حوزه علمیه نجف را در برمى گیرد. آقانجفى با زبردستى یک نویسنده هنرمند و یک روانشناس و جامعه شناس تیزبین گزارش نوشته و تصویرى دقیق از زندگى مردم روزگار خود به ارمغان آورده است و رنج و فقر طلبه اى محروم اما سرشار از شوق ایمان و علم را بازگو نموده است.[26]
این کتاب ارزشمند توسط ناصر ربیعى به عربى برگردانده شده و توسط انتشارات انوار الهدى به چاپ رسیده است.
ویژگیهاى کتاب را در چند جمله مى توان بیان کرد:
1ـ سادگى و صداقت در روایت و بیان
2ـ بیان گفتارى و محاوره اى که از صنعت پردازیهاى کلیشه اى به دور است.
3ـ شخصیت پردازى نمادین و همه جانبه که با شخصیتهاى قالبى و قراردادى تفاوت دارد.
4ـ برخورد عادلانه و عالمانه با قضایا.
5ـ خوب اندیشیدن و خوب درک کردن و در نتیجه خوب بیان کردن وقایع و حقیقتها.
6ـ استفاده از ضرب المثل هاى فراوان به مناسبت مطلب.
7ـ استفاده از شواهد شعرى که شامل مثنوى و دوبیتى هاى باباطاهر، حافظ و شیخ بهایىمى شود.
8ـ استفاده از آیات و روایات در جاى جاى کتاب به طورى که در مجموع 170 حدیث و 140 آیه در کتاب به چشم مى خورد.[27]
5. سیاحت غرب یا سرگذشت ارواح پس از مرگ
این کتاب در سال 1312هـ ش به نگارش درآمد و در سال 1349 به چاپ رسید.[28]
کتاب بیانگر سیر ارواح برزخى است. مرحوم آقانجفى فوت مثالى خود را مبنا قرار داده و به استناد آیات و روایات مراحل سفر برزخ را با کنایات و مثالهاى مخصوص درهم آمیخته است. به جاى مفهوم عبادت، فضیلت اخلاق، صفاى دل، پاکى روح و عشق به اولیاى حق، رفیقى خوشرو به نام هادى و به جاى گناه و عصیان و ظلم که در دنیا مرتکب شده است، زشت رویى به نام سیاه را در عالم برزخ مجسم مى سازد که همیشه همراه او است.
این کتاب تا کنون توسط انتشاراتى هاى زیادى به چاپ رسیده است.[29]
مقام معظم رهبرى حضرت آیت الله خامنه اى (دام عزه) مى فرمود:
«در مورد آقا نجفى باید عرض کنم اول بار سیاحت غرب را مرحوم شهید مطهرى به من معرفى کردند. کتاب سیاحت شرق شرح حال زندگى مرحوم آقا نجفى است، سیاحت غرب هم مربوط به اصطلاحات عرفا و مراحل عالم بعد از مرگ و برزخ است. مرحوم مطهرى معتقد بود که مرحوم آقانجفى سیاحت غرب را از روى خیالات ننوشته بلکه از روى مکاشفه نوشته است.»[30]
6. رساله سفرى کوتاه به آبادیهاى اطراف قوچان
این کتاب در 29 شوال 1348 (1309هـ ش) نگاشته شده است و در ارتباط با رسیدگى به امور شرعى مردم در چند روستاى قوچان است ضمن رسیدگى به امور شرعى روستائیان، به برخى از مسائل اجتماعى مردم آن منطقه نیز پرداخته است.[31]
7. شرحى بر کتاب «پسران من»
کتاب پسران من از تألیفات پُل دومر آمریکایى در زمینه اخلاق و تربیت جوانان و عشق و آزادى است که مرحوم آقا نجفى قوچانى این شرح را به خط خود در سال 1352هـ ق (1312هـ ش) نگاشته است.
وى در این شرح مطالب کتاب پل دومر را با مبانى اخلاق اسلامى مقایسه و تطبیق مى کند و سپس برترى و فطرى بودن اخلاق اسلامى را با استناد به آیات و روایات به اثبات مى رساند.[32]
8. شرح ترجمه رساله تفّاحیه بابا افضل کاشانى
این اثر در سال 1354هـ ق (1314هـ ش) نگاشته شد.[33] اصل کتاب از آثار ارسطو مى باشد و باباافضل کاشانى[34] آن را ترجمه و آقا نجفى شرح داده است.[35]
9. رساله اى در اثبات رجعت (عربى ـ فارسى)
این کتاب به خط مرحوم آقانجفى در سال 1361 قمرى مطابق با 1321 شمسى نگاشته شد.[36]
10. رساله «اصالة البرائة» در اصول فقه
حاشیه وى بر فوائد الاصول شیخ مرتضى انصارى است. ظاهراً وقتى در اصفهان نزد شیخ عبدالکریم گزى تلمذ مى کرد، نوشته است.
این تقریرات تحلیلى بر درس استاد است. این نسخه جزوات دیگرى از جمله «منجزالمریض» و «رساله طهر بدن حیوان به زوال عین النجاسه» و «نوافل یومیه» را به ضمیمه خود دارد.[37]
11. تقریرات فقهى
در مباحث قضا، صوم، صلاة و رهن و به خط آن مرحوم در نجف اشرف است. رساله اى به نام «الاتقان فى ارکان الدین» از محمدهادى بن محمدامین استرآبادى نیز همراه اوست.[38]
12. شرحى بر مباحث الفاظ کفایة الاصول[39]
نوشته هاى دیگرى از آن مرحوم نزد بستگان وى موجود است که هنوز به چاپ نرسیده است.