آثار پر بار و ابتکارى
بیش از پنجاه سال است که کتابهاى محقق، بویژه «قاموس و نهج الفصاحة و اخبار دخیله» ایشان از منابع مهم و مرجع شمرده مى شوند و همین ما را از توصیف بیشتر آنها مستغنى مى کند. پس تنها به نامبرى آنها اکتفا مى شود:
1. شرح وجیزه شیخ بهایى (نخستین نوشته ایشان)
2. حاشیه بر متن لمعه و بر شرح لمعه.
3. النجعه فى شرح اللمعه، در 11 جلد.
4. الاخبار الدخیله، در 4 جلد.
5. قضاء امیرالمؤمنین على بن ابى طالب(علیه السلام)(پرانتشارترین اثر محقق که به زبان فارسى دهها بار به چاپ و به زبان انگلیسى هم نشر یافته است.
6. آیات بینات فى حقیّة بعض المنامات، به تازگى به زبان فارسى نیز ترجمه و انتشار یافت.
7. الاوائل.
8. قاموس الرجال فى تحقیق رواة الشیعة و محدّثیهم، در 14جلد و پرآوازه ترین وپربارترین کتاب محقق شوشترى است در علم رجال.
9. رسالة فى تواریخ النبى والآل (تاریخ چهارده معصوم(علیهم السلام))
10. رسالة فى سهو النبىّ(صلى الله علیه وآله).
11. الدر النظیر فى المکنین بابى بصیر.
12. البدایع (گلستانى که از هر چمن گلى را به ارمغان دارد)
13. بهج الصباغة فى شرح نهج البلاغه در چهارده جلد (تفسیرى موضوعى و انتقادى)
14. مقدمه اى بر توحید مفضّل، به زبان فارسى.
15. الاربعون حدیثا، (چهل حدیث در فضائل ائمه معصومین و مسائل فقهى).
16.الاربعینیات الثلاث.
17. کشکول، در 237 صفحه جیبى (غیر از کتاب البدایع است).
18. نوادر الاخبار و جواهر الآثار.
19. حواشى بر توضیح المسائل آیت الله خویى.
20. حواشى و استدراکات بر کتاب ثواب الاعمال و عقاب الاعمال.
21. جزوه کوچکى در ادعیه و اذکار.
22. حواشى بر «منتخب المنتخب» (رساله عملیّه پدرشان).
23. غرر و درر، در ادبیات.
24. تفسیر قرآن، محقق شوشترى در این تفسیرى که آرزوى اتمام و انتشارش را داشت، بیشتر به دو تفسیر معروف شیعى نظر داشت. تفسیر تبیان، اثر بزرگ شیخ طوسى و تفسیر المیزان اثر جاوید علامه طباطبایى این اثر سالهاست که در دست استاد على اکبر غفارى است تا توسط انتشارات مکتبة الصدوق چاپ و منتشر شود.