شرح و ترجمه ی کتاب المشاعر ملاصدرا که به تحریر عمادالدوله است.... در واقع و حقاً، بیانات و تقریر دروس آقای میرزا علی اکبر حکیم یزدی است و از آن تضلّع و تبحر استاد در مشرب فلسفی ملاصدرا، به خوبی استنباط و درک می شود.

همچنین از مطالعه ی شرح الدرة الفاخرة، جامعیت استاد در شعب علوم عقلی، یعنی کلام و فلسفه و تصوّف، روشن و آشکار می شود....حکمت متعالیه شرح ملخص از حکمت اشراق است که با بیان ساده نگارش یافته و این موضوع نمایانگر این است که مرحوم حکیم یزدی در حکمت اشراق نیز تبحر داشته است.[7]

از مرحوم میرزا علی اکبر مدرس یزدی در علوم معقول، آثاری به چاپ رسیده است که مورد استفاده ی دانشمندان و علما قرار گرفته است. عبارت اند از:[8]

1 ـ رسائل حکمیّه

این کتاب در سال 1365 شمسی زیرنظر اداره ی کل انتشارات و تبلیغات وزارت فرهنگ ارشاد اسلامی به چاپ رسیده است. این مجموعه حاوی چند رساله ی کوچک از آثار حکیم یزدی است:[9]

الف) رساله ی بدیعه الهیه فی بیان مفهوم الماهیة والوجود.

ب) شرح فارسی مولْف بر رساله ی مسأله ی وجود از ملاعبدالرحمن جامی.

ج) رساله معرفة النفس ومعرفة الربّ.

د) هندسه که با خط خود مؤلف است.

2 ـ مجموعه رسائل کلامی و فلسفی و ملل و نحل

این مجموعه مشتمل بر یک سلسله مباحث کلامی و فلسفی و تحقیقاتی است که بر شرح فصوص الحکم قیصری به رشته نگارش درآمده است. در این مجموعه، رساله ای در شرح حال غُلات نوشته شده که به علم ملل و نحل مربوط است. مرحوم حکیم یزدی در میان فرقه های متعدد مذهبی، نسبت به اهل غلو حساس بود و درباره ی عقاید آنان به بررسی جامعی پرداخته است. وی دربارۀ اهل غلو معتقد است:

«برخی از اهل غلو، ملحد بودند و قصد آنان از اظهار این گونه عقاید، ایجاد فتنه بوده است.

وی رساله ای در 24 باب، اصناف غُلات را برمی شمارد و عقاید باطل آنان را آشکار ساخته است.[10]

در مقدمه ی کتاب مجموعه رسائل کلامی و فلسفی، شرح مختصری از زندگانی میرزا علی اکبر یزدی توسط فرزند ارشد وی، محمود حکمی یزدی آورده شده است.[11]

3 ـ تعلیقات بر شرح فصوص الحکم قیصری

حکیم یزدی در تعلیقات خود جنبه ی اختصار را رعایت کرده است و گزیده سخن گفته. در این تعلیقات، بیش تر به توضیح مطالب می پردازد و می کوشد برای خواننده، هر گونه ابهامی را از عبارت کتاب بزداید. در تعلیقات وی، نکته ها و لطایف فراوانی وجود دارد که می توان از آن ها بهره مند شد. وی در برخی موارد، به مواضع قیصری خرده گرفته و انظار او را مورد انتقاد قرار داده است.[12]

4ـ تعلیقات بر کتاب اسفار صدرالمتألهین شیرازی

حکیم یزدی تعلیقاتی بر کتاب اسفار صدرالمتألهین شیرازی دارد که از نکات دقیق و ارزشمند خالی نیست. البته این تعلیقات در مقام مقایسه با تعلیقاتی که بر کتاب فصوص الحکم قیصری نوشته است، بسیار اندک است ولی با همین مقدار اندک می توان به میزان علاقه و احاطه ای که وی به آثار ملاصدرا دارد، پی برد.[13]

5. ترجمه و شرح رساله ی وجود ملا عبدالرحمن جامی

رساله ای است به زبان فارسی از حکیم یزدی متأله شیعی و آن را در شرح رساله «مسأله وجود» نوشته ملاعبدالرحمن جامی به نگارش درآورده است.

حکیم یزدی، بحث خود را با تعریف وجود آغاز می کند و علت آن را مقدم بودن «ماهیت شارحه» بر ماهیت بسیطه برشمرده است. در این زمینه، نظریه های متعددی را متذکر شده است. در پایان به نظر خود پرداخته و چنین می نویسد: «تحقیق این است که وجود و ماهیت را در خارج عرضیّت و معروضیّت به هیچ وجه نباشد، پس نه مذهب حکما درست است و نه صوفیه و مناط موجودیت ماهیت نه به قیام یکی از این دو به دیگری است و نه اتحاد ماهیت با مفهوم موجود، بلکه مناط موجودیت بضرب من الاتحاد است با وجود».

روش حکیم یزدی در بحث خود در این ابواب، بر توضیح و شرح و نقد و مواردی هم بر ردّ آرای عبدالرحمن جامی قرار گرفته است.

رساله ی شرح مسئله ی وجود، برای بررسی چگونگی جریان حکمت در سده ی چهاردهم هجری در ایران، متنی قابل توجه در کنار متون دیگری می تواند بود. این رساله به کوشش محمود حکمی یزدی فرزند مدرس یزدی در مجموعه رسائل حکمیه در سال 1365 در تهران منتشر شده است.[14]

6 ـ حکمت عمادیه

ترجمه و شرح الدرة الفاخرة ملا عبدالرحمن جامی است

بدیع الملک این کتاب را در سال 1307 قمری زیر نظر میرزا علی اکبر یزدی ترجمه و شرح کرده و آن را حکمت عمادیه نام نهاده است.[15]

7 ـ ترجمه و شرح رسالۀ مشاعر ملاصدرا (عماد الحکمة)

این اثر کار مشترک بدیع الملک و استادش میرزا علی اکبر یزدی است. این کتاب در سال های اخیر، دوبار چاپ گردید. چاپ اول این کتاب در سال 1342 در مجموعه ی «گنجینه نوشته های ایرانی» به شماره ی ده، از سوی قسمت ایران شناسی انجمن ایران و فرانسه چاپ شده است.[16]

8 ـ حاشیه بر فصوص الحکم محیی الدین بن عربی.[17]

9 ـ حاشیه بر قوانین میرزای قمی.[18]

آثار چاپ نشده

از مرحوم حکیم یزدی آثار دیگری برجای مانده است که هنوز چاپ نشده است:

1 ـ رساله ای در بیان حقیقت و اثبات وجود فرشتگان و جن و شیطان و نیز بیان کشف و الهام که آن را برای حاج نجم الدوله، معلم ریاضی مدرسه ی نظام ناصری، نوشته است.

2 ـ شرحی بر کتاب شواهد الربوبیة فی المنابع السلوکیه ملاصدرا نوشته است.

3 ـ حواشی که بر شرح نهج البلاغه از ابن ابی الحدید نوشته است.

4 ـ تعلیقات بر شرح منظومه ی حکیم سبزواری

5 ـ تلخیص و منتخب برخی رسائل و کتاب های نفیس فلسفی و عرفانی که با مشارکت بدیع الملک نوشته است.[19]