در زمان اقامت در فسا. فرصت را غنیمت شمرد و دست به کارى بزرگ زد. کتاب «الحدائق الناضره فى احکام العترة الطاهره» محصول سالها تلاش اوست. این کتاب در برگیرنده یک دوره فقه شیعه است. این کتاب تاکنون راهگشاى مجتهدان در بدست آوردن احکام شرعى بوده است و هماره مراجع تقلید شیعه در کرسى تدریس، از آن استفاده مى جویند. کتاب «حدائق» موجب شد تا پس از آن، شیخ یوسف به نام صاحب حدائق مشهور شود.
صاحب حدایق در رشته هاى گوناگون علوم اسلامى مهارت داشت و آثار بسیار گرانبهایى از خود به یادگار گذاشت. نثر زیباى او گویاى ذهن لطیف و روح شاعرانه اش مى باشد. آثارش عبارتند از:
1. اجوبة المسائل البحرانیّه
2. اجوبة المسائل البهبهانیّه
3. اجوبه المسائل الشیرازیّه
4. اجوبه المسائل الکازرونیّه
5. الاربعون حدیثا فى فضائل امیرالمؤمنین(علیه السلام)که از کتب اهل سنت گردآورى شده است.
6. الاسلام و الایمان و انه اقرار باللسان و اعتقاد بالجنان و عمل بالارکان
7. اعلام القاصدین الى مناهج اصول الدین
8. انیس الخاطر یا انیس المسافر یا «جلیس الحاضر و انیس المسافر» یا «انیس المسافر و جلیس الخواطر در بمبئى چاپ شد.
9. تدارک المدارک فى ماهو غافل عنه و تارک، حاشیه بر «مدارک الاحکام»
10.الجمع بین فاطمتین یا «الصوارم القاصمة فى الجمع بین فاطمیتین».
11. حاشیه بر «شرح شمسیه قطب الدین رازى».
12.الحدائق الناضره فى احکام العترة الطاهرةدر 25 جلد چاپ شده است.
13.الدررالنجفیه فى الملتقات الیوسفیهدر تهران چاپ سنگى شد.
14. سلاسل الحدید فى تقیید لابن ابى الحدید.
15.الشهاب الثاقب فى بیان معنى الناصب و مایترتب علیه من المطالب.
16. لؤلؤة البحرین فى الاجازة لقرتى العین.
17. معراج النبیه فى شرح من لایحضره الفقیه
18.النفحات الملکوتیه فى الرد على الصوفیه.
19. کشکول بحرانىکه در 3 جلد چاپ شده است. وى درباره انگیزه نگارش این کتاب مى نویسد:
«علت اینکه من اقدام به نوشتن چنین کتابى کردم این است : عقل سلیم مى داند که انسان در دنیا در درون غمها و تاریکى هاست و این امور در خیلى از موارد زندگى را تلخ و اذهان را پریشان مى کند و انسان را از ادامه راه در رسیدن به اهداف عالى باز مى دارد. در این موارد بر انسان لازم است که روح خسته خود را با نکته هاى شادى آفرین و فرح بخش شاداب کند. چون همانطور که بدن انسان بعد از کار و تلاش، محتاج به استراحت است، روح خسته نیز نیازمند آسایش است.
20.الخطبکه مجموعه سخنرانیهاى او در شیراز است.([1])
[1] - مقدمة ,الفاخره: ص 280 - 301