شاگردان
در بخش شاگردان فندرسکى این پرسش مطرح است که آیا صدر المتالهین شیرازى از شاگردان میر فندرسکى بود؟
داستانى که در این باره ذکر شده از این قرار است: ملاّ صدرا پس از ورود به اصفهان نزد میر داماد رفت و راجع به شروع تحصیل با او مشورت کرد. میر داماد گفت: اگر خواهان معقول هستى نزد میر فندرسکى بیاموز و اگر منقول را مى خواهى فرا گیرى نزد شیخ بهایى برواگر طالب هر دو حوزه ى معقول و منقول مى باشى نزد من فرا گیر.
صدرا نظر میر داماد را پذیرفت، اما از محضر هر سه استاد بهره برد.[68]
در همان زمان جریان فلسفى مکتب اصفهان که درخشش خیره کننده اى داشت، به جایگاه بلند خویش یعنى حکمت متعالیه صدرایى در رسیدو آن هم محصول تلاشها و مجاهدتهاى عالمان ارجمندى چون میر داماد و میر فندرسکى بود.
با این حال این پرسش اساسى مطرح است که اگر ملاّ صدرا را شاگرد درس میر ندانیم، شاگرد بحث آن بزرگوار هم نمى توان دانست؟
برخى از محققان اندیشمند در تأیید این نظر برآنند که:
«ملاّ صدرا هرچند که شاگرد رسمى میر داماد بوداما بسیارى از لطایف فلسفه را از برکت محضر میر فندرسکى الهام گرفته است.»[69]
دیگر شاگردان گرانقدر عبارتند از:
ملاّ رجبعلى تبریزى
ملاّ رجبعلى فیلسوف، عارف و شاعرى قوى دست که تخلص شعرى «واحد» داشت و از شاگران نامدار میر فندرسکى به شمار مى رفت. به شدت تحت تاثیر جاذبه استاد خود قرار گرفت و تابع حکمت مشایى بود. او بیشتر در زمینه منطق، طبیعیات و الهیات تبحر داشت.
قاضى سعید قمى و برادرش محمدحسن قمى، میر قوام الدین حکیم، ملاّ عباس مولوى، ملاّ محمد تنکابنى «سرآب» و محمد رفیع پیر زاده از شاگردان او به حساب مى آمدند.
ملاّ رجبعلى در میان مردم بسیار پرحشمت زیست، به گونه اى که در چشم شاه عباس ثانىنیز از احترام ویژه اى برخوردار بود و شاه مکرر به منزل وى مى رفت.
بنابر عقیده مرحوم آشتیانى برخى از نظرات فلسفى ایشان از قبیل اشتراک لفظى وجود، بى نیاز از نقد نیست.
یکى از شاگردان ملاّ رجبعلى تقریرات درسش را در دو جلد گرد آورد و با اشاره استاد آن را معارف الهیه نام نهاد. از آثار دیگر ملاّ رجبعلى، «رساله اى در اثبات واجب» و نیز «اصول آصفیه» را مى توان نام برد.[70]
آقا حسین خوانسارى
وى یکى از بزرگ ترین شخصیتهاى عصر صفوى به شمار مى آید. تقریباً در تمامى اصناف علوم دین صاحب نظر و در فلسفه طبیعى و الهى، فقه و اصول، تفسیر و کلام، ریاضیات و علوم ادبى توانمند بود القابى مانند استاد حکیمان و مربى فقیهان و محدثان را براى او به کار برده اند.[71]
رفیع الدین محمد بن حیدر (میرزا رفیعاى نائینى)
از علماى معروف روزگار خود بود. از شاگردان شیخ بهایى، میر داماد، میر فندرسکى، ملاّ عبدالله شوشترى و دیگر اعلام به شمار مى رفت و در فلسفه و کلام و فقه صاحبنظر بود.[72]
ملاّ محمدباقر سبزوارى (محقق سبزوارى)
محقق در فقه و اصول و فلسفه و حکمت استاد بود. صاحب روضات الجنات محقق را دانشمندى فاضل و عالى مقام خوانده و اظهار داشته، شایسته است بگوئیم «الله اعلم حیث یجعل رسالته»[73]