آثار ماندگار
این جمله مقام معظم رهبرى (تألیفات ایشان یادگارهایى ماندنى به شمار مى آید) به حق گویاى ارزش آثار این مفسر بزرگ است. وى بیش از صد مقاله در مجلات علمى و تخصصى دارد، مانند اجوبة المسائل الدینیه، فصلنامه علوم سیاسى، فصلنامه حکومت اسلامى، فصلنامه حوزه و دانشگاه، مجله تخصصى دانشگاه علوم اسلامى رضوى، بینات، پژوهشهاى قرآنى، قبسات، رسالة الثقلین، ترجمان وحى، اندیشه حوزه، نامه مفید و.... در سمینارهاى مختلف و سفرهاى داخلى و خارجى فراوانى شرکت کرد و مقالات و سخنرانیهاى علمى ارائه نمود. مصاحبه هاى گوناگون داشت. در مؤسسات مختلف عضویت فعال و تاثیرگذار داشت، مانند: عضویت علمى فصلنامه حکومت اسلامى، مشاوره کارساز و همکارى موثر با مجله بینات، عضو هیئت امناء و ریاست موسسه یاران امین (فعّال در مناطق اهل سنّت)، عضو هیئت امناى بنیاد دایرة المعارف قرآن. عضو گردهمایى علمى مراکز متعددى بود، مانند: مرکز جهانى علوم اسلامى، پژوهشگاه فرهنگ و اندیشه دانشگاه تربیت مدرس، مرکز تخصصى تفسیر و علوم قرآن، دانشکده اصول دین، زهرا آکادمیک، (مربوط به طلاب شیعه پاکستان)، عضویت در جامعه مدرسین حوزه ى علمیّه قم و همچنین دهها پایان نامه کارشناسى ارشد و دکترا را راهنمایى و مشاوره مى کرد.[82]
آیت الله معرفت از اعضاى دیوان عالى کشور هم بود و به امر امام در زمان انقلاب به قضاوت مى پرداخت، ولى بعدها بیشتر به امور علمى روى آورد.[83]
در کنار این همه فعالیت، وى دهها اثر مکتوب علمى هم از خود به یادگار گذاشت که فهرست آن چنین است:
الف: آثار قرآنى:
1 - التمهید فى علوم القرآن (6 جلد).
2 ـ تلخیص التمهید
3 - صیانة القرآن من التحریف: از این اثر دو ترجمه چاپ شده است.
4 - شبهات و ردود حول القرآن الکریم: این اثر بلافاصله بعد از چاپ به دلیل اهمیت فراوان با عنوان «نقد شبهات پیرامون قرآن کریم» ترجمه شد.
5 - التفسیر الاثرى الجامع: 1 جلد چاپ شده است و تا پایان سوره بقره آماده چاپ است. استاد به روند جمع آورى کار تا آخر قرآن نظارت کرده است.
6 ـ التفسیر و المفسرون فى ثوبة التشیب و ترجمه آن
7 - تنزیه الانبیاء
8 - علوم قرآنى (تلخیص و ترجمه التمهید)
9 ـ علوم قرآنى (تلخیص و ترجمه التمهید و صیانة القرآن)
10 ـ علوم قرآنى (تقریر درس استاد)
11 - معارفى از قرآن: گردآورى خسرو تقدسى نیا12 - تناسب آیات (ترجمه بخشى از التمهید)
13 - آموزش علوم قرآنى (3 ج) ترجمه التمهید
14 ـ آموزش علوم قرآنى
15 - تاریخ قرآن
16 - اهل بیت و القرآن الکریم
17 - تفسیر سوره حجرات
18 - التفسیر الوسیط: این تفسیر را در کربلاارائه مى کرد که به دلیل روى آوردن به علوم قرآن آن را رها کرد.
19 - رسالة نسخ: خطى.
20 - تلخیص التمهید: توسط مولف خلاصه شده است.
21 - سلسله معارف قرآنى: 6 جلد چاپ شده است.
22 - رساله اى در بطن.
23 ـ التأویل فى اختلاف المذاهب و الآراء
24 ـ آراء الشیخ المفید حول تحریف القرآن و نزوله الدفعى
25 ـ ترجمه پذیرى قرآن
26 ـ تفکروا فى غفلة خلق الله: گردآورى محسن عقیل
ب: آثار فقهى
1 - تمهید القواعد
2 - حدیث لا تعاد
3 - دراسة مستوعبة عن مسألة ولایة الفقیه، ابعادها و حدودها.
4 ـ مالکیة الارض
5 - احکام شرعى
6 - ولایت فقیه
7 - ولایت تشریع (بخشى از کتاب ولایت فقیه که توسط مؤسسه امام صادق(علیه السلام) جداگانه چاپ شده است.)
8 - تعلیقه بر جواهر: ده جلد. چاپ نشده است.
9 - رساله مسائل فى القضا.
ج: آثار دیگر
1 - تناسخ الارواح (و ترجمه: بازگشت روح)
2 - پرتو ولایت
3 - حقوق المراة فى الاسلام
4 - شیخیه: به صورت مقالات چاپ شده بود و در همان ایام به گفته مولف در هیأت کتابى درآمد.
5 - جامعه مدنى: مجموعه مقالات که در مقابل آراى شبهه افکنان در نظام جمهورى اسلامى نوشته شد.
6 - تحریر قسمت اعظم کتاب حکومت اسلامى امام خمینى (ره) به عربى.
7 - همکارى در تدوین معجم رجال الحدیث آیت الله خویى.[84]