میرزا محمّد طاهر تنکابنى در مدّت عمر پر برکت خود کتابخانه اى مشتمل بر چهار هزار جلد کتاب خطى و سنگى و نفیس گرد آورده بود که با توجّه به احاطه کافى وى به علوم گوناگون از حیث کیفیّت کم نظیر و بلکه بى نظیر بود.^([43])

شیخ آقا بزرگ تهرانى مى نویسد:

در کتابخانه این مرد فاضل و عارف نسخه هاى نفیس نگهدارى مى شد که برخى از آنها در اواخر عمر او هنگام کسالت و بیمارى اش به کتابخانه مجلس شورا فروخته شد و باقى مانده کتابهاى او را بازماندگانش براى اداى قرضش به همان کتابخانه فروختند.^([44])

شادروان استاد سیّد محمّد محیط طباطبایى، دانشمند اهل زواره، در این باره گفته است:

کسانى که مرحوم میرزا طاهر را دیده اند نیک مى دانند که هم مدرّسى والا مقام بود و هم شخصیتى مورد توجّه و احترام. من در مباحثات با ایشان شرکت مى کردم و همواره از محضرشان استفاده مى بُردم. بر وى ستم بسیار رفته بود. از کار بر کنارش کردند و مقام قضاوت را از وى گرفتند و گوشه نشینش ساختند... . روزى مرا به منزل خود دعوت کرد تا کتابخانه اش را ببینم و در همین دیداربا فرزند برومندشان نیز آشنا شدم. چندى بعد از آن، میرزا به سراى باقى شتافت و آقا زاده ایشان به من مراجعه کرد و گفت: براى پرداخت مقدارى قرض، گریزى جز فروش کتابهاى پدر نیست. من ایشان را از آن کار منع کردم و موضوع را با کتابخانه مجلس در میان گذاشتم و با موافقت ایشان قرار شد که کتابها به کتابخانه مجلس منتقل شود و مبلغ قرض نیز از طریق بودجه مدرسه اى که میرزا در آن تدریس مى کرد تأمین و پرداخت گردد. قراردادى تنظیم شد که متن آن را خود تهیه کردم و در آن این شرط را قرار دادم که کتابهاى مزبور در مخزنى به نام مرحوم میرزا محمّد طاهر محفوظ بماند و این چنین شد نتیجه آن که به خاطر خواهش و وساطت من و بزرگوارى آقا زاده آن حکیم فقید، مجموعه اى شامل 1400 ـ 1300 نسخه خطى ممتاز به همراه حدود 1600 ـ 1500 کتاب چاپ سنگى نفیس در بخشى به نام آن مرحوم جاى گرفته و براى همیشه باقى خواهند ماند.^([45])

حکیم میرزا مهدى الهى قمشه اى به علاّمه حسن زاده آملى گفته بود:

آن مرحوم با بودن میراث ملکى قابل توجّه در مازندران به دلیل فشار رضا خان کارش به جایى رسید که به فروختن کتابهایش ناچار شد و از فروش آنان ارتزاق مى کرد ولى قسمت عمده کتابهایش نسخه هاى نفیس خطى بود که آنها را نفروخت و نگه داشت و بعد از رحلتش همه آنها را به کتابخانه مجلس فروختند.^([46])

امکان نداشت میرزا کتابى را در کتابخانه اش بگذارد مگر این که تمام آن کتاب را با دقّتى که مخصوص خودش بود از صدر تا ذیل مى خواند. از این رو اغلب کتابهاى موجود در آن کتابخانه حواشى مفیدى از ایشان در بردارد که ارزش کتاب را چندین برابر کرده است. در اثر مطالعه این کتابها و هوش سرشار میرزا خودش یک کتابخانه متحرّک و بحرى از نظر فلسفه، حکمت، عرفان، طب قدیم و فقه و ادب بود. مقدار قابل توجّهى از کتابها را با خط زیباى خویش استنساخ نموده بود و در کتابخانه اش نگهدارى مى کرد.^([47])