وی فرزند حاج میرزا عبدالرحیم شیخ الاسلام بن حاج میرزا محمد سعید بن حاج میرزا عبدالرحیم نظر علیشاه منوچهری نائینی است.
مرحوم نظر علیشاه در (1240 ج 4 س 580) گذشت. فرزندش حاج میرزا محمد سعید بعد از شیخ الاسلام نائین گردید و هم پس از فوت در نزد او دفن شد، چنانکه در «تاریخ نائین 1 : 118» نوشته، و همانا وی چهار پسر و هشت دختر داشته که اسماء هر یک را با اولاد و أحفاد چندی در (ج 4 ص 51 تا 53) بشرح نگاشته، و از آن جمله فرزند دویم او میرزا علیمحمد صدر العلما است که در (ص 52) اعقاب او را نوشته. و یکی از آنها مرحوم میرزا جعفر خان شیخ الاسلامی فرزند میرزا محمود نظام الشریعه ابن میرزا محمد سعید صدر العلما ـ که زوجه‌اش حسینه خانم دختر حاج میرزا محمد مترجم «احقاق الحق» (1305) بوده ـ ابن میرزا علی محمد مرقوم بود که وی جوانی هیجده ساله و در غایت هوش و ذکاوت بود و در تحصیل علوی جدی تمام داشت و در 4 ع 2 سنه 1370 در مدرسه کاسه گران ملاقاتش دست داد که در دبیرستان سعدی کلاس چهارم درس می‌خواند، ولی افسوس که در چندی قبل از این در اصفهان بیمار و برای معالجه بطهران رفت و آنجا در شب 5 شنبه 9 محرم اینسال 1371 وفات کرد، رحمةالله علیه.
و پسر سیم وی میرزا صادق صدر الشریعه است که مردی با فضیلت بوده و سه پسر داشته که همه در ص 53 نوشته شده‌اند. و چهارم شیخ محمد حسن معین الاسلام است که در طریق وارستگی و عرفان قدم نهاد و در ص 53 گوید: در میانة فرزندان شیخ بزرگ تنها او بود که در سلوک مسلک تصوف وارد رویه پدر شد، و پس از آن اعقابی از او آورده.
و بالاخره، فرزند اول حاج میرزا محمد سعید: مرحوم حاج میرزا عبدالرحیم شیخ الاسلام است که از علما و معاریف نائین بوده و نه فرزند آورده: هفت پسر و دو دوختر که در (ص 51 و 52) اسامی آنها و بعضی از اولاد و احفاد آنها را نوشته، و از آن جمله: پسر اول او مرحوم صاحب عنوان است که به میرزای نائینی مشهور و از اجلة علما و فقهاء محققین و افاضل فضلا و مدرسین اصول فقه در نجف اشرف بود، و سالها در آن زمین مبارک در این علم تدریس می‌نمود و جماعتی کثیره بدرس وی حاضر و امروز بسیاری از آنها از وجوه علماء فرقه شیعه بشماراند. و با اینهمه خطی ملیح و انشائی فصیح داشته.
شرح احوال وی در کتاب «احسن الودیعه 2: 96 و 97» و «تاریخ نائین: 1: 188 و ج 3: 101 تا 104 و 4: 51» و «فهرست کتابخانه رضویه 5: 558» و بعضی از مجلدات متفرقة «الذریعه»نوشته، و از آنها چنین برآید که: وی در اینسال ـ بنص «الذریعه 6: ش 809».
متولد شده، و مادر وی چهار برادری که هر یک از وی به ترتیب کوچکتراند (چنانکه در «تاریخ نائین 4: 52 فرموده) دختر حاج میرزا علی اکبر بوده. و مرحوم میرزا نخست در اصفهان در نزد مرحوم حاج شیخ محمد باقر نجفی (1235 ج 3 ش 489) و میرزا ابوالمعالی کرباسی (1247 ج 4 ش 699) درس خوانده و آنگاه بعتبات رفت و آنجا نخست در سامره در نزد میرزای شیرازی و سید محمد فشارکی و بعداً در کربلا نزد آقای صدر و سپس در نجف نزد آخوند خراسانی سالها تحصیل نمود تا خود از اعاظم علما و محققین فقها گردید و در موقعی که مشروطه خواهی در ایران پیدا شد وی مانند آخوند مرقوم از طرفداران این نهضت بود چندان که رساله ئی چنان که ذکر می‌کنیم در این باره تألیف فرمود و البته بدین سبب مخالفین مشروطه نظر خوبی بوی نداشتند. و وی بعد از وفات حاج میرزا محمد تقی شیرازی و آقای شریعت مرجعیت نامه بلکه ریاست عامه فرقه شیعه را بهم رسانید، چنان که در آن زمان ریاست تقلید و ایصال سهام امام و سایر مهمات و أحکام فقط بوی و آقا سید ابوالحسن اصفهانی و آقا ضیاء الدین عراقی و حاج شیخ عبدالکریم یزدی انحصار یافت.
و چون دولت عراق که بمجاهدت و اهتمام علماء شیعه استقلاب بهم رسانیده بود خواست انتخابات مؤسسان فراهم کند و مرحوم حاج شیخ مهدی خالصی آنرا منافی با استقلال آن مملکت می‌دانست فتوی بر حرمت آن داد و بالنتیجه دولت عراق وی را در شب 3 شنبه 10 ذی القعده الحرام 1341 بحجاز و ایران تبعید کرد، مرحوم میرزا و آقا سید ابوالحسن اصفهانی بر این عمل دولت اعتراض کردند و هر دو در اواخر ذی القعده به طرف ایران معترضانه حرکت نمودند و چندین ماه در ایران ماندند. و چون عمل دولت عراق در ممالک اسلامی اثری بد پیدا کرد ناچار دولت در این اقدام تجدید نظر نموده و علما را به عراق دعوت نمود و خالصی در مشهد ماند ولی میرزا و آقا سید ابوالحسن در 4 شنبه 18 ماه رمضان سنه 1342 بعراق عرب برگشتند و بیش از پیش بر اهمیت مقام این دو نفر افزود.
و مرحوم میرزا کتب چندی تألیف کرده: اول «حاشیه بر کتاب العروة الوثقی» آقا سید محمد کاظم یزدی (ره). دویم کتاب «وسیلة النجاة» که رساله عملیه مختصری است در ابواب عبادات و معاملات از اول باب تجارت تا آخر باب میراث بر اساس و ترتیب «تبصرة علامه» که آنرا تحریر و تطبیق با فناوی خود نموده، انجام تألیف آن 6 ماه رمضان سنه 1340.
سیم «رساله‌ئی در لباس مشکوک» که در سنه 1315 تألیف کرده. چهارم کتاب «تنبیه الامة و تنزیه المله» در لزوم مشروطیت ایران که گذشت.
و او روایت می‌کند از چند نفر: اول مرحوم حاجی نوری (ره) دویم حاج شیخ محمد طه نجف. سیم حاج میرزا حسین خلیلی، و این دو نفر اخیر را میرزا محمد علی اردوبادی در «اجازه شیخ حسین آل محفوظ» ذکر کرده.
و چنان که گذشت چندین نفر از علماء أعلام از برآمدگان مدرس مبارک او پند: اول، سید ابوالقاسم خوئی 1317 دویم شیخ حسین بن علی حلی صاحب «رسالة اوضاع لفظیه» که آنرا در سنه 1338 تألیف کرده. سیم شیخ محمد علی کاظمینی 1309. چهارم شیخ محمد ابراهیم کلباسی 1322. پنجم میرزا محمد باقر زنجانی 1312.
و نیز چند نفر از او روایت میکنند: اول آقا سید محسن حکیم طباطبائی. دویم شیخ عبدالنبی عراقی نجفی. سیم آقا میرزا محمد علی اردوبادی 1312.
و بسیاری از این بزرگواران تقریرات دروس آن استاد راد را تحریر نموده و از آنها کتبی بوجود آورده‌اند.
و او در اواخر عمر بسب فکر زیاد یا اثر زکام ثقل سامعه بهم رسانید بطوری که تکلم با او خالی از صعوبتی نبود، تا بالاخره در جمعه بیست و ششم جمادی الاولی سنه 1355 هزارو سیصد و پنجاه و پنج چنانکه در «الذریعه 6: 809» غیر از تعیین هفته فرموده مطابق 23 مرداد ماه باستانی ـ در نجف وفات کرد و در یکی از حجرات صحن مطهر دفن شد، و ... هیچ در ایران مجلس ترحیم و تعزیت برای او گرفته نشد.
و چنانکه در «تاریخ نائین 4: 51» نوشته چهار فرزند از وی بازماند: اول میرزا علی آقا که نامش در «الذریعه 14: 184 ص 1» برده شده. دویم میرزا محمد. سیم میرزا مهدی، و هر سه بعلت کسالت مزاج از تحصیل باز ماندند. چهارم دختری که زوجة یکی از علماء همدان شد، انتهی.
و دیگر از شاگردان صاحب عنوان با ملاحظه عدد آنچه گذشت: ششم شیخ حسن دجیلی1309