آثار و تألیفات
این مجتهد پرتلاش، در کنار تحصیل، تدریس، پژوهش،مطالعه و فعالیّت هاى اجرایى و اجتماعى، به نگارش نیز اهتمام دارد: وى در طول تحصیل، اکثر درس هاى استادان خارج فقه و اصول و فلسفه خود را یادداشت و تقریر نموده است و علاوه برآن، وى در هنگام تدریس هم پیش از حضور در جمع شاگردان، مطالب درس را مى نوشت و آن گاه در جلسه درس حاضر مى شدچنان که هنوز هم این روش را ادامه مى دهد. تاکنون تعدادى از آثار مکتوب آیت الله ملکوتى به چاپ رسیده، امّا بیشتر آن آثار، هنوز چاپ نشده است. در این بخش، به فهرست و شرح اجمالى این آثار مى پردازیم:
1. المحاکمات
این کتاب نقد و بررسى آرا و نظرات میرزاى نایینى، آقا ضیاءالدین عراقى و محمدحسین غروى اصفهانى در اصول و مقایسه آنها با یکدیگر که در سال 1371 ق. در نجف به چاپ رسیده است.
2. الربافى التشریع الاسلامى
این کتاب، 3 جلد است که جلد اوّل، شامل سیر تاریخى ربا، نظرات ادیان و مکتب هاى اقتصادى درباره ربا و طرح و ردّ اشکالات وارده بر حرمت رباست که در سال 1392 ق. به چاپ رسیده است. جلد دوم و سوم آن درباره رباى قرضى و رباى معامله اى است که هنوز چاپ نشده است.
3. ماالفرق بین الدّین و العلم و الفلسفه
این کتاب، داراى بحث هاى علمى ـ تحقیقى در ردّ مکتب مارکسیسم و فلسفه کمونیستى است که در روزهاى گسترش آن در عراق، آیت الله ملکوتى ان را به نگارش درآورده و براى آگاهى طلاّب و دانشجویان عراقى در نجف، آن را تدریس کرده است این کتاب نیز هنوز چاپ نشده است.
4. الامن العام فى الاسلام
آیت الله ملکوتى در این کتاب به بحث مبسوط و مفصلى درباره ضرورت امر به معروف و نهى از منکر و شرایط آن از دیدگاه قرآن، سنت و عقل پرداخته است که در نوع خود، از محتواى بدیعى برخوردار است. این اثر در سال 1403 ق. در تبریر به چاپ رسیده است.
5. المنافقون فى القرآن والسنة والتاریخ(خطى)
6. تفسیر سوره فاتحه(خطى).
7. مقتل الامام الحسین(علیه السلام)(خطى).
8. شرح مبسوط بر کفایة الاصول(خطى).
9. تقریرات درس مرحوم آیت الله حجت(خطى).
10. حاشیه بر عروة الوثقى که به چاپ رسیده است.
11. حاشیه بر اسفار ملاّصدراى شیرازى(خطى).
12. حاشیه بر شفاى بوعلى(خطى).
13. مناسک حج که چند بار چاپ شده است.
14. توضیح المسائل که چندین بار به چاپ رسید.
15. مسجد، مسجد شد.
یکى دیگر از آثار ارزشمند این فقیه سترگ، کتاب «مسجد، مسجد شد» است. انگیزه نگارش وى از این اثر، احیا و تجدید بناى مصلاى بزرگ تبریز بود. این کتاب، در سال 1364 ش. در دو جلد در تبریز به چاپ رسید. یک بخش آن از تحقیق عالمانه وعمیق تاریخ موقوفات در آذربایجان حکایت دارد و بخش هاى دیگر آن، درباره رویدادهاى مهم تاریخى در آذربایجان و ایران است. این اثر نفیس را مى توان یک دوره کامل تاریخ ایران و آذربایجان به شمار آورد.